Lancé au cœur de la pandémie de SARS-CoV-2, le projet Covid AuRa Translate regroupe des acteurs de l’écosystème santé régional public/privé dans le cadre d’un programme de recherche plus de deux ans sur la COVID-19. Il devait permettre de mieux comprendre les mécanismes d’infection afin d’apporter des réponses aux industriels pour l’efficacité des futurs vaccins et traitements.

Porté par BIOASTER, l’unique institut français d’Innovation technologique en microbiologie, spécialisé dans les maladies infectieuses, ce projet a été mené en collaboration avec Sanofi, bioMérieux, Boehringer Ingelheim, les 4 CHU de la région Auvergne-Rhône-Alpes et Lyonbiopôle Auvergne-Rhône-Alpes. Il a mobilisé une quarantaine de chercheurs pour un budget de 4,5 millions d’euros, avec le soutien financier de l’Union européenne via les fonds FEDER – ainsi que des fondations Bullukian, Finovi et l’Institut Mérieux.

Arrivé à son terme en cette fin d’année 2023, ce projet ambitieux a eu des retombées positives aussi bien en termes organisationnel, en fédérant les acteurs académiques, hospitaliers et industriels majeurs de l’infectiologie de la région qui ont su relever les défis méthodologiques et réglementaires de constitution de biobanques et recueil de données cliniques dans une période de forte tension, avec le développement de plusieurs outils de caractérisation de la physiopathologie du SARS-CoV-2 et de l’efficacité des solutions thérapeutiques ou prophylactiques.

Une biobanque d’échantillons pour comprendre les facteurs de risques individuels et identifier des schémas de vaccination optimaux

Une biobanque d’échantillons prélevés sur sept cohortes de patients suivis sur une durée pouvant aller jusqu’à 24 mois post-infection et présentant une gamme de profils asymptomatiques, sévères ou hospitalisés en soins intensifs, a été créée. Avec l’introduction de la vaccination en 2021, des patients ayant reçu différents schémas vaccinaux ont également été inclus.

C’est ainsi que plus de 2000 échantillons de sang (plasma et cellules immunitaires), sérum, d’expectorations ont été collectés au cours des deux années pandémiques. Plus de 90 000 données cliniques associées ont également été intégrées dans les bases de données.

Ces échantillons ont été soumis à un large panel d’analyses spécifiques de « system serology », Transcriptomique (étude de la transcription des gènes), Métabolomique (analyse des métabolites et des lipides) ; Protéomique (analyse des protéines).

Cette approche exhaustive a ainsi permis :

– d’évaluer des kits de diagnostic sérologique

– de suivre le portage viral en relation avec la fenêtre de contagiosité

– de caractériser le profil immunitaire unique de chaque patient.

Les analyses en cours doivent permettre de dégager des signatures spécifiques associés à chaque profil de patient afin d’identifier les facteurs de risque individuels, corréler l’effet protecteur des anticorps aux schémas vaccinaux hétérologues et homologues.

Un modèle hamster développé pour tester des traitements thérapeutiques ou prophylactiques

Par ailleurs un modèle d’infection par les variants SARS-CoV-2 ayant émergé pendant les différentes vagues a été développé chez le hamster en collaboration avec l’école vétérinaire VetAgroSup.Les signes cliniques ainsi que l’histopathologie pulmonaire, les titres viraux dans les organes infectés et l’activité des anticorps neutralisants ont été suivis.

Ce modèle de hamster représentatif de la maladie clinique et de la pathogenèse de la COVID-19, est désormais à la disposition des partenaires souhaitant tester des futurs vaccins et traitements contre le SARS-CoV-2.

Un projet régional innovant et structurant pour les futurs défis associés au risque de pandémie

Le projet COVID AuRA Translate aura été modélisant et structurant, il démontre la capacité collective des acteurs régionaux à se mobiliser autour de thématiques complexes et à développer des outils exploitables bien au-delà de la durée du projet. L’aspect longitudinal du suivi des cohortes a notamment confirmé un besoin fort de coordination et de standardisation autour de la gestion des échantillons et de leurs analyses. Grâce à lui, l’écosystème régional se trouve particulièrement bien armé pour répondre aux enjeux des pandémies actuelles et futures et montrer au-delà des frontières ses atouts indéniables en matière de santé.